Au contraire des armes à rayons, les torpilles et les missiles ont une probabilité de rater leur cible.
Exemple : un token est composé de 2 Croiseurs avec deux slots équipés de deux torpilles Rho. A chaque round, 4 torpilles seront donc tirées. La précision de chaque torpille étant de 75%, 3 d’entre elles toucheront leur cible.
Les torpilles qui touchent leur cible appliquent la moitié des dégats directement sur le blindage des vaisseaux. L’autre moitié est appliquée aux boucliers. Tous les dégats qui ne sont pas absorbés par les boucliers sont attribués au blindage.
Le nombre maximum de vaisseaux détruits lors d’un tir de torpilles est égal au nombre de torpilles ayant atteint leur cible. Dans l’exemple précédent, 3 vaisseaux au maximum seront détruits.
Si le token ciblé est détruit et qu’il reste de dégats à appliquer, ceux-ci sont distribués sur les tokens situés au même endroit. Dans ce cas, les dommages sont appliqués aux boucliers puis, si ces derniers ne peuvent tout absorber, au blindage. En aucun cas, le nombre de vaisseaux détruits ne peut dépasser le nombre de torpilles ayant fait mouche.
Les torpilles qui ratent leur cible infligent des dommages collatéraux au token cible seulement. Ces dégats valent 1/8 des dommages de base de la torpille et n’endommagent que les boucliers.
Les missiles sont les armes les plus puissantes du jeu : portée importante et dégats énormes. Seul inconvénient : une précision fortement réduite qui nécéssite la présence de nombreux Battle Computers pour offrir un rendement suffisant. Ces armes sont donc généralement montés sur des Starbases et des vaisseaux type Battleships. De plus, ils doublent les dégats infligés aux vaisseaux qui n’ont plus de boucliers.